ARKEN er en selvejende institution.
Museets øverste myndighed er bestyrelsen, der har ni medlemmer - heraf to personalerepræsentanter uden stemmeret. Bestyrelsen bliver udpeget hver fjerde år i forbindelse med kommunalvalgene. Borgmester Ole Bjørstorp er formand for bestyrelsen.
Den daglige ledelse af ARKEN varetages af direktør Christian Gether.